Bestuur
Het beleid van de vzw De Appeltuin wordt uitgestippeld en opgevolgd door het bestuur (de schoolraad). Elk van de leden draagt mee de eindverantwoordelijkheid voor een bepaald takenpakket. Deze taken zijn georganiseerd volgens werkgroepen. Het bestuur vergadert één keer per maand.
Dagelijks bestuur
De Appeltuin heeft ook een dagelijks bestuur dat wekelijks vergadert om dagdagelijkse zaken te bespreken. Hierin zetelt 1 ouder uit het bestuur/schoolraad samen met 3 leerkrachten en het instellingshoofd.